Satoshi ve Pikachu, daha fazla Pokemon yakalamak ve en iyi olma yolundaki yolculuklarına devam etmek için ünlü Kalos bölgesinin Miare Şehrine geldi. Bu arada, Citron adında dahi bir mucit ve küçük kız kardeşi Eureka, onları hızla bir savaşa davet eden Satoshi ile karşılaştıklarında şehri dolaşırlar. Ancak, Roket Takımı Satoshi'yi Kalos'a kadar takip ederek, bir Gaburias'ın şehre saldırmasına neden olduğunda, çok geçmeden tehlikeli bir olaya yakalanırlar. Uzaklarda, sakin Asame Kasabasında, Serena adında genç bir kız, profesyonel bir Sihorn yarışçısı olan annesinin emriyle günlük Sihorn binicilik antrenmanı yapıyor. Antrenmandan sonra, Miare City'de gelişen olayları televizyonda görür ve çocukluğundan bir çocuğu tanır. Hayatında önemli bir etki bırakan, onu görmek, onunla tekrar tanışma arzusunu harekete geçirir; Böylece Serena, geçmişinden gelen çocuğu bulmaya kararlı bir şekilde Miare Şehri'ne doğru yola çıkar. Pokemon XYGrubu, hırslarının peşinde koşan Kalos'ta seyahat ederken takip ediyor: Satoshi, Pokemon spor salonlarına meydan okuyan, Citron, Satoshi'den öğrenen ve Serena, hayalinin tam olarak ne olduğunu araştırıyor. Yol boyunca, yeni arkadaşlarla tanışırlar, yeni rakiplerle yüzleşirler ve Team Rocket'in planlarını engellemeye devam ederken, bir yandan da mega evrimin gizemlerini biraz keşfederler.